姫マツタケは、もともとはブラジルのサンパウロ市郊外の山中に自生していたキノコでした。
姫マツタケが日本にやってきたのは、1965年ころ。
当時、現地で農業を営んでいた日系人の古本隆寿さんが「日本にはない珍しいキノコ」としてキノコ研究の権威者である、岩出亥之助農学博士（三重大学農学部教授）のもとに送ったことがきっかけでした。
その後、このキノコは「アガリクス・ブラゼイ・ムリル」という学名のキノコであることが判明しました。和名の「ヒメマツタケ」は、1987年には『原色日本新菌類図鑑』に、【学名：アガリクス・ブラゼイ・ムリル】【和名：ヒメマツタケ】として収載されました。

岩出亥之助博士は、ヒメマツタケを食用キノコとして人工栽培するための研究を進め、1974年ついに人工栽培に成功しました。日本とブラジルの気候、風土、土壌などの違いから、種菌の培養、さらに効率よく発茸させるには 10余年もの歳月を要しました。

ヒメマツタケは、「アガリクス・ブラゼイ・ムリル」という学名から、「アガリクス茸」と同一であると、長い間誤解されてきました。
しかし、 「アガリクス」というのは「ハラタケ属」という意味です。
つまり、「アガリクス茸」という名前の固有のキノコは存在せず、「アガリクス茸」の研究は行われていないのです。
「アガリクス」を意味する「ハラタケ属」には数百種類ものキノコがあり、日本国内のアガリクス（ハラタケ属）のキノコは３７種類あります。みなさんにもおなじみのマッシュルームも、ハラタケ属のキノコです。

ヒメマツタケは、日中の気温は35度以上、夜間は20度以上、湿度が高く定期的に豪雨に見舞われるという、厳しい環境でのみ成長します。その成長環境の厳しさから、自生地のブラジル東南部のピエダーテ地方では「幻のキノコ」と呼ばれ、これまで大量生産は難しいとされてきました。

日本食菌工業は、長年の研究の末、ヒメマツタケの栽培に最適な気温、湿度を管理できる専用の施設(菌舎)を開発することに成功しました。沖縄県うるま市の菌舎では、米ぬかや沖縄産のサトウキビバガスなどの堆肥の上に土でウネ床を作り、その根元に種菌を接種する特殊なハウス栽培「ウネ作り法」を用いたヒメマツタケの栽培を行っています。